Harmony Test - Non-İnvaziv Prenatal Test
Transkript
Harmony Test - Non-İnvaziv Prenatal Test
Non-invaziv Prenatal Test: Fetal Trizomilerin Saptanmasında Yeni Bir Dönem Trizomi Değerlendirmesinin Evrimi Down Sendromu için Tanı Oranı 100% FPR=<0.1% FPR=5.0% 80% 60% 40% 20% 0% Maternal age AFP only Quad Marker First Trimester Full Integrated Harmony Prenatal Screen Screen Screen Test 2 2 Kullanılan Anöploidi Testlerinin Sınırları Yüksek false pozitif oran(%5) Geç informasyon Uzamış belirsizlik Zahmetli Çoklu doktor ziyaretleri Spesifik USG cihazı İnvaziv prosedürler (CVS ve amniosentez) nedeniyle güvenlik kaygıları 3 Harmony Prenatal Test TM Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) varlığı (gücü) Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 4 Harmony Prenatal Test TM Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) varlığı Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 5 Maternal Kanda Cell-Free DNA Cell-free DNA (cfDNA) kısa DNA fragmentleridir. Gebelikte, maternal kanda hem anne ve hem de fetusa ait cfDNA bulunur. Mevcut fetal cfDNA miktarı, maternal cfDNA’nın küçük bir kısmıdır. 6 cfDNA ile Kromozom Sayımı Fetal cfDNA Maternal cfDNA Referans kromozom fragmentleri Kromozom 21 fragmentleri 7 cfDNA ile Fetal Trizominin Saptanması Fetal trizomi 21’den köken alan ekstra fragmentler Fetal cfDNA Maternal cfDNA Referans kromozom fragmentleri Kromozom 21 fragmentleri 8 Harmony Prenatal Test TM Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 9 NIPT Teknolojisi Günümüzde bu alanda kullanılan 2 farklı analiz yöntemi Massively Parallel Shotgun Sequencing (MPSS) Directed Yöntem Harmony Prenatal Test Anahtar farklılıklar “pozitif/negatif” sonuçlar (z-skordan köken almış) Daha güvenli Kişiye özel risk skorlaması 10 Yöntem karşılaştırılması– MPSS ve Directed Kandaki cfDNA Kromozom 21, 18, 13 cfDNA’sı Diğer kromozomlara ait cfDNA Haritalanmamış cfDNA Massively Parallel Shotgun Sequencing (MPSS) Directed analysis (DANSR) 11 MPSS ve z-score Analiz Metodu N=1696 • cut-off olarak tahmini bir z-score değeri kullanılarak trizomi tespiti yapılır. • z-score cut-off reflects the # of SDs from an expected mean • z-score=3: normal beklenen ortalama değerden 3SD kadar sapmayı gösterir • z-score=2: normal beklenen ortalama değerden 2SD kadar sapmayı gösterir Palomaki GE et al. Genet Med. 2011 12 Harmony Prenatal Test – Genel Bakış DANSR TM (Digital Analysis of Selected Regions) Directed cfDNA testi ● Daha güvenli ● Çok sayıda hastanın aynı anda çalışılabilmesi FORTE TM (Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation) İçeriği: ● Fetal cfDNA fraksiyonu ● Anne Yaşı ● Gebelik haftası Kişiye özel risk skorlaması 13 FORTE Anöploidi Analizi Giren Bilgi Kromozom 13, 18 ve 21 cfDNA sayısı Fetal DNA Klinik bilgi (anne yaşı ve gebelik haftası gibi) Çıkan Bilgi FORTE Trizomi 21 risk değeri P( x j | T ) P(T ) P( x j | D) P( D) *FORTE - Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation Trizomi 18 risk değeri Trizomi 13 risk değeri 14 Fetal cfDNA Fraksiyonunun Önemi Fetal cfDNA Maternal cfDNA Referans Kromozom Kromozom 21 Fetal Fraksiyon Yüzdesi Trizomi için beklenen oran 4% 1.02 10% 1.05 20% 1.10 40% 1.20 Analiz aşamasına fetal fraksiyonun da eklenmesi daha doğru sonuçlar elde edilmesini sağlar 15 Özet– Harmony Test ve MPSS MPSS Random analiz Directed analiz Fetal fraksiyon ve diğer klinik risk faktörleri hesaplanamaz Fetal fraksiyon ve diğer klinik risk faktörlerini de içerir Örnekler, çok farklı test değerlerine rağmen random olarak 2 kategoriye ayrılır Her bir trizomi için kişiselleştirilmiş risk skoru ile basit ve anlaşılır sonuçlar (Yüksek risk/Düşük risk) 16 Geniş Klinik Data 2012 yılında yayınlanmış çalışmalar: 8 Harmony’den bağımsız çalışmalar: 2 Özellikle 1. trimester gebeliklerde yapılmış çalışmalar: 2 Bugüne kadar yayınlanmış çalışmalardaki toplam hasta sayısı: 2013 yılı içerisinde bugüne kadar yayınlanmak için submit edilmiş veya kabul edilmiş çalışmalar: >6,000 (2.000 olgu ort. risk grubunda) 4 17 Klinik Çalışmalar – Karşılaştırmalı Data Yayınlanmış çalışmalardaki toplam hasta sayısı Klinik çalışma sayısı Bağımsız çalışma sayısı 2 MaterniT211,2,3,4 0 Verifi5,6 0 Panorama7* 0 *unblinded study 1Ehrich, et al. Noninvasive Detection of Fetal Trisomy 21 by Sequencing of DNA in Maternal Blood: A Study in a Clinical Setting. Am J Obstet Gynecol. 2011 Mar;204(3):205. 2Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to Detect Down syndrome: An International Clinical Validation Study Genet Med. Vol 13:No 11. Nov 2011. 3Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma Reliably Identifies Trisomy 18 and Trisomy 13, as well as Down syndrome: An International Collaborative Study. Genet Med. 2012 Mar;14(3):296-305. 4Canick, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to Identify Down syndrome and Other Trisomies in Multiple Gestations. Prenat Diagn. 2012 Aug;32(8):730-734. 5Sehnert, et al. Optimal detection of fetal chromosomal abnormalities by massively parallel DNA sequencing of cell-free fetal DNA from maternal blood. Clin Chem, 2011 Jul;57(7):1042-9. 6Bianchi, et al. Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing. Obstet Gynecol, 2012 May;119(5):890-901. 7Zimmermann, et al. Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci. Prenat Diagn 2012 Dec;32(13):1233-41. 18 Klinik Çalışma& Yayın - Genel Bakış Çalışma Durum Açıklama Yayınlandı – Editor’ün seçimi The Gray Journal (August 2012) Çok merkezli (50 merkez) klinik validasyon çalışması (yüksek ve düşük riskli kadınlar kullanılmış) En geniş NIPT kohort çalışması Average Risk (Nicolaides) Yayınlandı – The Gray Journal (2012, available online) 1. trimester gebeliklerde Harmony test ile ortalama risk çalışması (bu konuda tek çalışma) Ariosa Blinded Yayınlandı – Editor’ün seçimi The Gray Journal (April 2012) Risk skoru raporlaması ile kör çalışma Nicolaides Blinded Yayınlandı – Editor’ün seçimi The Gray Journal (April 2012) 1. trimester kör çalışma Proof of Concept Yayınlandı – Kapak Makalesi Prenatal Diagnosis (Jan 2012) Ortalama ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu grupta directed cfDNA yaklaşımının ilk olarak kullanılması Yayınlandı – The White Journal (Jan 2013) Ortalama riskli ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu grupta T13 taramasının performansı Fetal Fraction – NICE substudy Yayınlandı – J Mat Fet Med (Jan 2013) Ortalama ve yüksek riskli kadınlarda fetal fraksiyonun aynı miktarda olduğunun gösterilmesi Fetal Fraction Yayınlandı – Fetal Diagnosis and Therapy (2012) Fetal fraksiyon ile plesental yapının korelasyonun gösterilmesi Tamamlandı ve inceleme aşamasında Çok merkezli (Avrupa) kör çalışma NICE (Non-Invasive Chromosomal Evaluation) Trisomy 13 NITE (Non-Invasive Trisomy Evaluation) NEXT (Non-invasive Examination of Trisomy) Kaydedildi 19 Harmony ile 1. trimester tarama testlerinin karşılaştırılması için ortalama riske sahip kadınlarda yapılmış çok merkezli kör çalışma 19 Harmony Prenatal Test TM Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 20 Klinik Performans 6.000’ den fazla hasta çalışıldı (2,000’den fazlası ortalama riske sahip kadın) Saptama Oranı >99% T21 (231/232) >98% T18 T13 Yanlış Pozitiflik Oranı (103/105) Harmony ile 10 olgunun 8’i saptandı <0.1% <0.1% <0.1% Source: Sparks et al, Prenat Diagn, 2012; Sparks et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Ashoor et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Norton et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Nicolaides et al, Am J Obstet Gynecol 2012;Ashoor et al, Ultrasound Obstet Gynecol 2012. 21 22 Harmony Test – Genel Populasyon Taraması Bağımsız kör çalışma Hasta populasyonu ● 1. trimester gebelikler (11-13. gebelik haftası) ● 2.049 kadında genel populasyon taraması Sonuçlar: Saptama Oranı: ● 10/10 olguda trizomi saptanmış (8/8 trizomi 21; 2/2 trizomi 18) Yanlış Pozitiflik Oranı: ● ● Harmony 1. trimester taraması %0,1 (2/1,939) %4.5 (87/1,939)* *based on a 1:150 risk cut-off Nicolaides KH et al. (2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 23 Risk Skoru Karşılaştırması Her iki figür aynı hasta grubunu (1.949) göstermektedir Trizomi ● ● Yanlış pozitif Trizomili 10 olgu Trizomili olmayan 1,939 olgu Normal 100 100 10 10 Trizomi riski (%) Trizomi Riski (%) 1. trimester taraması 1 1 0,1 0,1 0,01 0,01 5 15 25 35 Fetal Fraksiyon (%) Nicolaides KH et al. (Sept. 2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 5 15 25 35 Fetal Fraksiyon (%) 24 NIPT’nin Sunduğu Avantajlar Kanıtlanmış İddaları destekleyen en büyük klinik veritabanı 100.000 den fazla analizi yapılmış örnek ve birbiriyle tutarlı sonuçlar Güvenilirlik Şeffaf, eğitim ve hasta odaklı güvenilir bir organizasyon Tüm dünya çapında bu alandaki öncü kişilerce desteklenen Erişilebilirlik NIPT için en düşük test ücreti Sürekli eklenen yeni erişim noktaları ile kolayca ulaşılabilme Kalite Her test en az 12 ayrı kalite kontrol ölçümünden geçer İlave olarak, en az 50 laboratuvar performans ölçümü kullanılır 25 Test Raporu 26 Test Raporu (T21) 27 Kişiselleştirilmiş Risk Hesaplaması Risk skoru değerlerinin %99.5’i her iki uçtan birisindedir 28 Testin Sunduğu Yenilikler Harmony test with Y ● Y kromozomunun incelenmesini içerir ● Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir ● Şu anda uygulanabilmektedir Harmony test with X,Y ● X ve Y kromozomlarının incelenmesini içerir ● Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir ● Mayıs 2013’ten önce uygulanmaya başlanacak * Sadece Amerika için geçerli olup Türkiye’de kullanımı yasalar gereği mümkün değildir. 29 Harmony Prenatal Test TM Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 30 Potansiyel Klinik Uygulama Serum taramasına alternatif ? Pozitif tarama sonrası? İnvaziv işlemin alternatifi? NIPT + Ultrason: NIPT, yaygın fetal trizomileri saptayabilir Ultrason, diğer genetik hastalıkların bulgularına odaklanabilir Diğer genetik hastalıklar ile bağlantılı NT Tanıda gecikme İnvaziv işlem gerekliliğinin devamı NIPT, tanı amaçlı bir test değildir Diğer kromozom anomalilerini saptayamaz Mikroarray 1. Norton, M., Brar, H., Weiss, J., Karimi, A., et al. Non-Invasive Chromosomal Evaluation (NICE) Study: Results of a Multicenter, Prospective, Cohort Study for Detection of Fetal Trisomy 21 and Trisomy 18, Am J Obstet Gynecol. (2012), doi:10.1016/j.ajog.2012.05.021.; 2. Nicolaides KH, Syngelaki A, Ashoor G, et al. Noninvasive prenatal testing for fetal trisomies in a routinely screened first-trimester population. Am J Obstet Gynecol (2012);207:x.ex-x.ex. 31 Beklentilerin Klinik Testler ile Karşılanması Düşünülen Klinik Test Standart bir analiz isteyen hasta NIPT (T21, T18, T13) İnvaziv test ile karyotipleme & mikroarray Fetusun genetik açıdan tam bir analizini isteyen Karşılaştırmalı genetik analiz isteyen hasta Sadece endişe edilen anomaliler: T21, T18, T13, ve seks kromozomu anöploidileri (after counseling re: sex chromosome aneuploidy) * eg. verinata health >1.7% Kesin bir bilgi isteyen İnvaziv test ile karyotipleme Güvenilir bir test isteği: • %1-2* kümülatif yalancı pozitiflik oranı • Mozaisizm için bilinmeyen saptama oranı Genişletilmiş NIPT 32 Fetal Medicine Center (Nicolaides): Uygulama Protokolü CVS 10 hafta: •Fetus ölçümleri için tarama •cfDNA testi için kan örneği •Kombine testler için kan örneği 12 hafta: • Detaylı ultrason taraması • Sonuçların tartışılması • CVS gerekli ise karar verme • + cfDNA testi • Fetal defektler • NT >3.5 mm 33 Ürün Profili Kısa açıklama ve kullanım amaçları: The Harmony Prenatal Test, maternal kanda cell-free DNA (cfDNA) analizi için geliştirilmiş bir laboratuvar testidir ● Bu testin amacı, fetal trizomi 21 (down), trizomi 18 ve trizomi 13 riskini belirlemektir ● Test bir tarama testi olup tanı amaçlı valide edilmemiştir ● Mozaisizm, parsiyel kromozomal anöploidiler ve translokasyonlar için valide edilmemiştir Hasta populasyonu: En az 10 haftalık olan ve tekiz gebeliğe sahip kadınlarda uygulanabilir. Çoğul gebeliklerde (ikiz vb) kullanılması uygun değildir Örnek Gereksinimleri: ● ● Siyah ve kahverengi kan tüpleri içine 2x10ml tam kan alınır Örnekler alındığı gün gönderilmelidir. Sonuç oranı: Test edilen örneklerin %96’sında sonuç alınmaktadır Rapor süresi: 7-10 takvim günü 34