PH–117 Tütün Genotiplerinde Genetik Varyasyonların AFLP
Transkript
PH–117 Tütün Genotiplerinde Genetik Varyasyonların AFLP
PH–117 Tütün Genotiplerinde Genetik Varyasyonların AFLP Markörleri İle Tespit Edilmesi a Seda Nemlia, Ali Peksüslüb, M.Bahattin Tanyolaça Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Bornova, İzmir b Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü, Menemen, İzmir eryilmazseda@hotmail.com Amaç: Tütün gen bankasında kayıtlı bulunan toplam 67 tütün genotipinin AFLP markör yöntemini kullanılarak genetik benzerliklerini saptamak ve genetik akrabalıkları tespit etmektir. Gereçler ve Yöntemler: Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nden temin edilen 67 adet tütün genotipi kullanılmıştır. Örnekler havan içerisinde sıvı azot yardımıyla ezilerek Doyle&Doyle (1990) DNA izolasyon protokolü uygulanarak DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. DNA saflığını belirleyebilmek amacıyla %1’lik agaroz jelde örnekler yürütülmüş ve jel görüntüleme sisteminde (G-box, SYNGENE) görüntülenmiştir. AFLP Kit protokolü referans alınarak reaksiyona tabi tutulmuş ve elde edilen amplikonlar, Li-Cor 4300s DNA Analyzer cihazı kullanılarak ayrımlanmıştır. Çalışmada 25 adet primer kombinasyonu denenmiş aralarından en uygun 11 primer kombinasyonu seçilerek 67 genotip üzerinde uygulanmıştır. Polimorfik DNA bantları “1” (DNA bantı var) ve “0” (DNA bantı yok) olacak şekilde Microsoft Excel tablosuna yazılmış ve veri matriksi oluşturulmuştur. Skorlama verileriyle primerlerin PIC (Polymorphism Information Content) değerleri hesaplanmıştır.Genetik akrabalığı belirleyebilmek amacıyla NTSYS paket programı kullanılarak gen frekansları ile çeşitler arasındaki genetik uzaklık hesaplanmıştır. Polimorfik bantlardan oluşan skorlama tablosu, JMP paket programı (SAS Inst., 1995) kullanılarak cluster (kümeleme) analizi ile dendograma dönüştürülmüştür. Bulgular: 67 tütün genotipinde 11 primer kombinasyonu ile deneme yapılarak AFLP markör analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda 11 primer kombinasyonundan toplamda 128 adet polimorfik bant elde edilmiştir. Primer başına ortalama 11,6 polimorfik bant olarak bulunmuştur. En yüksek polimorfik bant sayısı 28 bant ile MCAC-EAAG (700), en düşük polimorfik bant sayıları MCTAEAAG(700) , MCTA-EACT(800) ve MCTT-EACA (700) primerleri ile elde edilmiştir. En yüksek genetik uzaklık ise 0,9 değerindedir. Bu değer Trakya Özbaş’dan elde edilmiş 21 numaralı ve Mardin 37’den elde edilmiş 47 numaralı genotip arasında tespit edilmiştir. En düşük genetik uzaklık değeri ise 0 olarak bulunmuştur. Bu genotipler 11(Ege 64), 13 (Samsun Canik),14 (İzmir İncekara) ,15 (Basma), 16(Yunan basması), 17 (Düzce Özbaş), 37(Dubek), 38(Bafra,Örencik), 39(İsfahan), 49(Bursa), 50(Bursa), 51(Kızılırmak), 52(Samsun maden), 53(Yayladağ), 54 (Esendal), 55 (K 14), 56(K 15), 57(K 17), 58(K 19) , 59(K 20) , 60(K 21) , 61(K22), 62(K24), 63(K25), 64(K26), 65(K27), 66(K28), 67( K29) Sonuç ve Tartışma: Birçok tütün genotipi aynı olmasına rağmen gen bankasına farklı isimler altında kaydedilmiştir. Ayrıca bazı çeşitlerin birbirlerinden seleksiyon ıslahı ile seçildikleri saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Tütün, AFLP, genetik çeşitlilik 1422 21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye http://www.ubk2012.ege.edu.tr